刘少军研究团队对翘嘴红鲌全基因组测序完成

日期:2016-03-24 17:03:53  浏览量:401

(供稿 生科院)近日,我校生命科学学院刘少军教授领衔的研究团队与北京百迈客生物科技有限公司合作完成了翘嘴红鲌(Erythroculter ilishaeformi)的全基因组测序工作。翘嘴红鲌(又称为大白鱼、翘嘴巴),其肉质洁白、鲜嫩,营养价值高,生长速度快,是自然界中存在的一种重要的肉食性淡水鱼类,也是一种深受大家喜爱的名贵经济鱼类。

对翘嘴红鲌全基因组进行研究,在鱼类遗传育种和生物进化和方面具有重要意义。这次测序工作的完成,共获取数据176Gb,序列组装参数N50达到72kb,其全基因组和基因区域的完整度分别超过95%和98%,是一个高质量基因组数据。研究表明该物种全基因组大小为1.02 Gb,包括注释基因37,511个。另外,该研究团队还建立了翘嘴红鲌的遗传连锁图谱;利用SLEF-seq技术,在翘嘴红鲌的24个遗传连锁图谱上对6,377个有效遗传位点进行了标记。

在鱼类遗传育种方面,揭示翘嘴红鲌的全基因组结构,除对其本身的育种研究具有重要帮助,而且对用其作为亲本的杂交鱼的研究也具有重要作用。刘少军教授领导的研究团队创新性地研制了异源二倍体鲂鲌品系,目前该品系已繁衍到第四代,为创建一个新的二倍体远缘杂交新物种奠定了坚实基础,为证明异源二倍体化是形成新物种的可行途径之一提供了重要证据。利用异源二倍体鲂鲌品系的雌性F1与雄性团头鲂回交,形成了具有多种优良性状的优良新品种—“杂交翘嘴鲂”(已获得国家农业部水产新品种证书),具有草食性、肉质鲜嫩、生长速度快、增产效益显著等优点,深受养殖户和消费者的喜爱。翘嘴红鲌是异源二倍体鲂鲌品系和杂交翘嘴鲂的重要亲本之一,翘嘴红鲌全基因组测序工作的完成,将有利于解析杂交鲂鲌品系和优良翘嘴鲂新品种的遗传特性和食性特点,为研究鱼类生长、肉质、抗病、抗逆等重要经济性状的分子机制提供重要依据。

在生物进化方面,肉食性鱼类的进化地位如何?作为具有48条染色体且为肉食性鱼类的翘嘴红鲌与草食性鱼类及杂食性鱼类的进化关系如何?这些都是有待回答的科学问题。翘嘴红鲌的全基因组测序的完成将有利于从基因组水平上揭示肉食性鱼类的生物学特性,为解析其遗传特性、食性特点、进化起源等方面提供重要的基础数据。

刘少军教授领导的鱼类发育生物学研究团队长期以来一直致力于淡水鱼类生殖发育和遗传育种研究,在鱼类杂交和多倍体研究领域的基础研究和应用研究方面都做出了积极贡献,目前该团队在鱼类基因组学方面做出的新成绩,对该团队的后续发展将起到积极的推动作用。